חיידקים ממין חדש בסוג Pantoea גרמו לדלקת בעצם 20 שנה לאחר שחדרו אליה.

 

חיידקי Pantoea osteomyelitidis, מין חדש למדע, נמצאו כגורמים לזיהום עצם של אישה, כ-20 שנה לאחר פציעתה. המין החדש אופיין באמצעות ריצוף גנום מלא, ומדגיש את חשיבות הטכנולוגיה החדשה באפיון ושיוך טקסונומי של חיידקים לא מוכרים.

לאחרונה, הגיעה אישה לבית החולים אסותא באשדוד עם כאבים מתמשכים (כשנתיים) ברגל שמאל. היא זכרה ש-22 שנה קודם היה לה שבר פתוח בעצם השוק (tibia) כתוצאה מנפילה על חתיכת עץ בשדה. הפציעה של אז טופלה והיא החלימה. הכאבים החלו ברגל רק כעבור כ-20 שנה. 

בדיקות הדמיה הראו סימנים של דלקת בעצם (osteomyelitis), והרופאים ניתחו וניקו את האזור הנגוע, ודגימות נשלחו לאיתור וזיהוי חיידקים במעבדה המיקרוביולוגית. בבדיקות אלה התגלו חיידקים שלא זוהו בשיטות הרגילות, ובדיקת הרצף של ה-16S rDNA (גן שמור שמקודד RNA ריבוזומי) הצליחה לשייך אותם רק למשפחה, ל-Erwiniaceae. 

החיידקים נשלחו להמשך אפיון טקסונומי במעבדה למיקרוביולוגיה ומחלות מתפרצות של בית החולים. דניאל קידר-פרידמן, מנהלת המעבדה, וצוותה השתמשו בשיטת "ריצוף גנום מלא" כדי לפענח את כל המידע הגנטי של החיידק. שיטה זו מאפשרת לזהות אורגניזמים שלא ניתן לזהות בשיטות המקובלות.

מושבות של חיידקי Pantoea osteomyelitidis על מצע "שוקולד".
אין להם צבען צהוב כמו שיש לחלק מהמינים האחרים בסוג.  
צילום: דניאל קידר-פרידמן

הריצוף המלא שייך את החיידקים למין לא מוכר בסוג Pantoea במשפחת ה-Erwiniaceae. חיידקי הסוג נמצאים בדרך כלל בסביבה, כמו בקרקע, במים או על צמחים, שני מינים גורמים למחלה קמילת עלים (Bacterial leaf blight) בצמחי אורז ודגניים אחרים. אך מוצאים אותם גם בבתי חולים, כפתוגנים (גורמי-מחלה) שניוניים - באנשים עם מחלות רקע או עם פגיעה במערכת החיסון, או כתוצאה מזיהומים של מכשור רפואי חודרני. 

השוואת הרצפים המלאים למינים המוכרים בסוג Pantoea הראתה שהמין החדש קרוב לשני מינים אחרים: P. superficialis, ו-P. mediterraneensis. עם זאת, החיידק החדש היה שונה מהם מספיק כדי להיחשב למין חדש, וכונה P. osteomyelitidis (על שם הדלקת ממנה בודד). תשעה מיני Pantoea מוכרים היו רחוקים יותר וכנראה משתייכים לענף (clade) אחר בסוג. הסוג כולל כיום מעל 20 מינים. 

החוקרים בדקו גם אם יש לחיידק גנים שעלולים לגרום לעמידות לאנטיביוטיקה. הם מצאו כמה גנים שיכולים להיות קשורים לכך, אבל בפועל החיידק היה רגיש לכל אנטיביוטיקה שנבדקה.

חשוב לציין שזהו רק המקרה השישי המתועד של זיהום בעצם (אוסטאומיאליטיס) שנגרם על ידי חיידק מהסוג Pantoea. בחמשת המקרים הקודמים, הזיהום יוחס לחיידק אחר מאותו סוג - P. agglomerans. אבל החוקרת חושדים שייתכן שבעבר היו טעויות בזיהוי החיידקים, כי השיטות הישנות לא היו מדויקות מספיק.

      זריעת בידוד של חיידקי Pantoea ananatis
(image credit: Gina Shin)

המחקר מדגיש את חשיבות הטכנולוגיה המתקדמת: ריצוף גנום מלא מאפשר לזהות אורגניזמים חדשים שלא ניתן לזהות בשיטות הרגילות. וגם את הקשר בין הסביבה לבריאות האדם: חיידקים שבדרך כלל חיים בסביבה (כמו בקרקע, במים או על צמחים) יכולים לפעמים לחדור לגוף האדם ולגרום לזיהומים, במיוחד במקרים של פציעות.

והמטופלת - היא נותחה שוב וטופלה בחומרים אנטיביוטיים שהחיידקים רגישים אליהם, והחלימה לחלוטין. 

המאמר - מ-Research square

על חיידקים נוספים מהסוג Pantoea בבלוג זה. 

בארבה - מייצרים את פרומון הנדידה  - P .agglomerans
ארבה המדבר (Schistocerca gregaria) פלש ממצרים - ההקשר החיידקי - 2013

חיידקים קושרי חנקן - 2014 -  P .agglomerans

מייצרים קיירומון בדגי גמבוזיה - P. pleuroti
יתושות מריחות ובורחות - 2024